熒光顯微鏡采用透射激發(fā)時(shí)，可以使用蘭色光線根據(jù)普通明場(chǎng)照明法進(jìn)行照明系統(tǒng)的調(diào)節(jié)，這包括光源調(diào)節(jié)及聚光鏡中心的調(diào)節(jié)。如果采用暗場(chǎng)聚光鏡，則還需要注意暗場(chǎng)聚光鏡的使用及調(diào)節(jié)方法，當(dāng)用蘭色光線調(diào)節(jié)好后，就可采用更換濾色片的方法，使標(biāo)本得到所需要的激發(fā)光線照射標(biāo)本，但要注意使遏止濾光片已在光路中，這樣可以保護(hù)觀察者眼睛免受紫外線損傷。

熒光顯微鏡采用反射激發(fā)時(shí)，先在光路中加入綠色激發(fā)濾光片組，把照明可變孔徑光闌與視場(chǎng)光闌完全打開(kāi)，調(diào)節(jié)光源位置，使照明光束通過(guò)物鏡轉(zhuǎn)換器的螺孔中央并使光源成象于物平面上，此時(shí)物鏡螺孔應(yīng)是通孔（不裝物鏡）。檢查激發(fā)光束是否通過(guò)物鏡螺孔中央，可在螺孔端面上放置半透明紙觀察光源光斑是否居中，在某些熒光顯微鏡中，光源是在垂直面內(nèi)調(diào)節(jié)其上下左右位置，而光源成象是通過(guò)集光鏡沿軸方向移動(dòng)來(lái)達(dá)到的。

熒光顯微鏡在安裝光源時(shí)要注意光源表面不能沾污手指印及其他斑痕，以免點(diǎn)燃過(guò)后，難以清潔，因此，新安裝光源時(shí)，使用前燈殼表面可用紗布蘸上酒精等有機(jī)溶劑揩檫干凈，此外，還需要注意電極方向，根據(jù)光源要求進(jìn)行安裝，以免發(fā)生意外或點(diǎn)燃不亮，燈管應(yīng)裝入燈箱內(nèi)方可點(diǎn)燃，以防萬(wàn)一爆炸傷人。激發(fā)濾光片及遏止濾光片如何組合使用應(yīng)根據(jù)不同熒光標(biāo)本的激發(fā)方法進(jìn)行選擇，一般也可根據(jù)使用說(shuō)明書(shū)推薦的配套方法進(jìn)行選用。